No es lo mismo.
Aunque ambas se caracterizan por provocar reacciones adversas, cuando se consume un determinado alimento (o alergeno), la alergia es una reacción en la que está involucrado el sistema inmunológico mientras que en la intolerancia no interviene.
La alergia alimentaria se da cuando el sistema inmunológico no funciona correctamente, confundiendo una sustancia inocua como si fuera una amenaza provocando una serie de reacciones en cadena, produciendo anticuerpos u otras células (anticuerpos IgE o no) que provoca la segregación de sustancias químicas (por ejemplo histamina) que son las que producen los síntomas. Las alergias en las que intervienen anticuerpos del tipo IgE, habitualmente sus reacciones son inmediatas con síntomas cutáneos, respiratorios, gastrointestinales y anafaxia.
En las alergias que no intervienen los anticuerpos IgE (o alergias no IgE mediadas) , no se tienen definidos los mecanismos inmunológicos con tanta precisión y pueden actuar otros anticuerpos y/o células como defensa contra el alergeno. Se producen normalmente frente a proteínas grandes de alto peso molecular, como la proteína de la leche y el gluten. Los síntomas tardan en aparecer (incluso días) y pueden ser crónicos, llegando a afectar al estado nutricional.
Una intolerancia alimentaria se da cuando el cuerpo no puede digerir correctamente un alimento o uno de sus componentes, bien por la incapacidad de generar alguna enzima que facilite la digestión de un determinado alimento como es la intolerancia a la lactosa o a la fructosa (intolerancia enzimática), o bien por otras causas (farmacológicas, metabólicas o indeterminadas). Si se padece una intolerancia, se podrían ingerir pequeñas cantidades sin demasiados problemas.
En ambos casos la evitación estricta del alimento de la dieta es necesaria pero en el caso de la alergia su eliminación de la dieta ha de ser radical ya que su consumo podría provocar una reacción inmediata grave, incluso su contacto.